“TOKYO MER”正式认可半年。为了在全国政令指定城市开展MER，代替离开队伍的音羽（贺来贤人）的第二医生问题让喜多见（铃木亮平）头痛不已。在队伍内希望比奈（中条绫美）升格的声音也提高，不过，

　　一个关系不睦却强大无比的忍者家庭在退休多年后，为了反击一连串日益逼近的威胁，开始重操旧业执行起地下任务。

　　2004年的圣诞夜，某高级公寓内，野口贵弘（德井义实 饰）及其妻子奈央子（小西真奈美 饰）双双遇害，现场则有四个惊慌失措的年轻人：杉下希美（荣仓奈奈 饰）、成濑慎司（窪田正孝 饰）、安藤望（贺来贤