本片根据松本零士的经典科幻漫画改编。或许过去，又或许未来，人类大规模向宇宙殖民。当人口膨胀到五千亿的时候，散落在宇宙各个角落的人类返回故土地球，却引发了伤亡惨重的归乡战争。为了保护地球这片圣地，人类制

　　经历了动荡的明治维新，日本迎来新的时代。在明治政府第十个年头，不祥的气息弥漫东京。恶德实业家武田观柳（香川照之 饰）操纵女医师高荷惠（苍井优 饰）研制新型鸦片，公开招揽落魄武夫，大肆收购周边土地，

　　宝町是一座与时代发展脱节、人口密集的中型工业城市，整日响着轰隆隆机器操作的声音。小黑和小白是被称之为“猫党”的人，可以腾空在城市顶端，可以滑落在纵深空间，小黑会拿着铁棍来狂扁他不喜欢的大人，小白则

　　明治维新运动后十二年，日本迎来了新时代。曾经叱咤风云的刽子手绯村剑心如今已成为和平主义者，与朋友们一起在东京过着平静的生活。一天晚上，剑心最喜欢的餐厅遭到炮火袭击，只留下一张写着“人诛”的字条——

　　进入了明治时代，曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心（佐藤健 饰）已经习惯了神谷道场的安宁生活。谁知就在这一天，倒幕战争时的旧友——号称维新三杰之一的大久保利通（宫泽和史 饰）将其请去。原来继承了剑心刽

　　就读国中的女孩有栖川彻子（苍井优 配音），因父母离婚而转学来到了石之森学园。令她有些气闷的是，同学们皆以诡异的目光看她，甚至对她敬而远之。从同班同学睦美口中得知，彻子现在所坐的桌子，其前主人曾经陷

　　偶遇到神秘少年“海”（石桥阳彩配）和“空”（浦上晟周配）的这个炎炎夏天，是琉花（芦田爱菜配）暑期的正式开始。天真无邪的“海”，看透一切的“空”，海洋馆里发光的鱼群，对琉花来说都像是一场浪漫的约定如

　　美术学校的大学生矶贝米路美（松山健一 饰）被新来的版画老师猪熊百合（永作博美 饰）吸引。他很快跟百合发生了关系，并且因为百合的成熟的魅力和不羁的性格而爱上了她。小远（苍井优 饰）是米路美的好朋友，

　　白岩义男（小田切让 饰）在和妻子离婚后回到了故乡函馆，在那里，他进入了一间职业学校学习木工，全部的生活来源就只依靠着一份失业救济金。白岩不愿意回忆过去，也不对未来抱有期望，只是浑浑噩噩的过着眼前的

　　自小一起长大的少女花（铃木杏）与艾丽斯（苍井优）是一对亲密好友，但两人性格迥异，艾丽斯活泼好动，见爱就追，花则天性害羞，不敢同喜欢的男生讲话。在每天陪伴艾丽斯尾随其一见钟情的高校男生时，花也偷偷恋